В университете ведутся фундаментальные и прикладные исследования в рамках 7 отраслей наук:
Осуществляются работы по 9 направлениям научных исследований. На базе ЯГТУ существует 4 научно-образовательных центра.
За последние 5 лет членами ведущих научных школ были защищены 10 докторских и 31 кандидатская диссертации, опубликованы 43 монографии, 193 статьи в изданиях, рекомендованных ВАК для публикации научных работ, получено 95 патентов РФ.
Студенты ЯГТУ ежегодно принимают участие в научно-исследовательской работе вуза: участвуют в конкурсах, олимпиадах, выставках, конференциях.
По выполнению совместных научно-исследовательских договоров поддерживаются устойчивые партнерские связи с предприятиями области:
С 2010 года в вузе действует Отдел развития инновационной деятельности (ОРИД). Данное подразделение курирует вопросы разработки, развития и коммерциализации научно-технических разработок студентов, сотрудников, аспирантов и докторантов ЯГТУ.